De combinatie van een zware overstroming in 1460 en een invasie van de Bourgondische troepen van Karel de Stoute in 1466 bracht de abdij een zware slag toe. Het herstel begon traag toen de kerk herbouwd werd. Aangezien de eigendomsakte van de abdij samen met andere documenten verloren was gegaan, zag de abdij zich verplicht om een deel van haar activa te verkopen of te verhuren. Aldus kwam de brouwerij in de handen van leken terecht. Onder toezicht van de abt bleef de brouwerij bier produceren voor de interne consumptie van de abdij.
In 1719 werd een nieuwe kerk gewijd ter vervanging van de kerk die men na de overstroming in 1460 herbouwd had. De feestelijkheden duurden drie dagen. De abdij bleef in deze periode veel investeren in de brouwerij. Tijdens de Franse revolutie lijdde de gemeenschap enorm door indringers die de eigendommen van de abdij plunderden en vernielden. De abdij van Leffe werd afgeschaft volgens het Republikeins recht en haar landerijen en gebouwen werden genationaliseerd. De brouwactiviteiten namen af en werden uiteindelijk stopgezet.
Nadat de abdij verschillende malen van eigenaar gewisseld was, kwam ze in 1903 uiteindelijk in handen van premonstratenzers uit St. Michel de Frigolet. Zij waren verbannen uit Frankrijk door de antiklerikale wetgeving van Combes. De vernieling sloeg weer toe in de abdij van Leffe toen België binnengevallen werd tijdens de Eerste Wereldoorlog. Een brand vernietigde de archieven. In 1928 namen monniken van de nabijgelegen stad Tongerlo de abdij over. Een jaar later werden de gebouwen opnieuw door brand beschadigd. De premonstratenzers kwamen echter terug en richtten de abdij van Leffe opnieuw op.
In 1952 kampte de heropgerichte abdij van Leffe met financiële problemen . Daarom sloot de abt een overeenkomst met brouwer Albert Lootvoet. Ze bliezen nieuw leven in de brouwerij en startte de productie van Leffe weer op uit respect voor haar traditie. Lootvoet, die uit een brouwersfamilie kwam, begon datzelfde jaar nog met de productie van Leffe Bruin. Het bier was een onmiddellijk succes en al snel kwamen er andere varianten op de markt die nu het unieke assortiment van het merk Leffe vormen. In 1977 werd Leffe opgenomen in het portfolio van AB InBev (afkomstig van de Artois-brouwerij, die zelf deel uitmaakt van een eeuwenoude brouwtraditie).
Doorheen haar rijke geschiedenis is Leffe altijd gebrouwen met de grootste zorg en volgens het oude recept van de monniken van de abdij van Leffe. Het graan, de hop en de gist die het recept van Leffe vormden, zijn nog altijd de natuurlijke ingrediënten van het bier van vandaag. De reputatie van een van ’s werelds grootste abdijbieren blijft dan ook groeien. Bierliefhebbers over de hele wereld erkennen tot op de dag van vandaag de geschiedenis en de uitmuntende smaak van Leffe.